Sông Trẹm, một chi lưu của sông Ông Đốc là sông duy nhất chảy qua huyện. Còn một tuyến đường thủy quan trọng khác là kênh xáng Chắc Băng, nối với sông Trẹm tại ngã ba sông (thuộc Thị trấn Thới Bình) đi về các tỉnh Hậu Giang và Thành phố Cần Thơ.Có hai tuyến quốc lộ đi qua địa bàn huyện Thới Bình: tuyến quốc lộ 63 và tuyến Hành Lang Ven Biển Phía Nam (còn gọi là đường Xuyên Á). Hai tuyến đường trên là hai tuyến đường huyết mạch nối liền 2 tỉnh Cà Mau và Kiên Giang.Ngoài ra còn có các tuyến đường tỉnh (ĐT): Đường tỉnh 961 nối trung tâm huyện với Quốc lộ 63, Đường tỉnh 983, Đường tỉnh 983B.